Dalam menjalankan aktifitasnya, organisasi LeSEHan terdiri atas Pengawas, Tim Manajemen dan tenaga lapang / tenaga pendamping masyarakat (TPM). Tim manajemen terdiri atas:

> Direktur
> Manajer Program
> Manajer Keuangan dan Administrasi, serta dibantu
> Manager Data dan IT

Adapun tenaga pendamping masyarakat adalah tenaga profesional yang mendampingi suatu wilayah atau program tertentu sesuai dengan klausul kontraktualnya.

Tanggung jawab dan peran masing-masing pihak adalah sebagai berikut:

> Direktur:
1. Penanggung jawab program
2. Menyusun laporan kegiatan lembaga
3. Menyusun master schedule kegiatan
4. Melakukan monev

> Manajer Program:
1. Menyusun detail program kerja
2. Bersama dengan direktur melakukan monev
3. Memberikan technical assistance
4. Bersama dengan Pendamping Kabupaten melakukan koordinasi dengan Dinas terkait

> Manajer Keuangan dan Administrasi:
1. Mengelola keuangan program dan menata administrasi kantor
2. Menyajikan laporan keuangan sesuai dengan prinsip-prinsip akuntansi dan bisa dipertanggung jawabkan

> Manager Data dan IT:
Sebagai bank data dan bertanggung jawab pada semua arus informasi dan data semua program / projek LeSEHan

> Tenaga Pendamping Masyarakat (TPM):
1. Mendampingi lokasi proyek secara insentif sesuai capaian program
2. Bersama dengan manajer program melakukan koordinasi dengan dinas terkait
3. Membuat laporan progres kegiatan sesuai lokasi masing-masing